El glifosato, por ser un herbicida de amplio espectro, tiene efectos tóxicos sobre la mayoría de especies de plantas y puede ser un riesgo para especies en peligro de extinción si se aplica en áreas donde ellas viven. De acuerdo con información de la EPA, reportada por PAN Asia y el Pacífico, más de 74 especies amenazadas en Estados Unidos pueden estar en riesgo por el uso del glifosato. La misma fuente añade que dosis subletales (bajo del límite de mortalidad) de glifosato pueden incrementar la susceptibilidad de algunas plantas (p.e. manzana, cebada, soya, tomate) a enfermedades causadas por hongos.